Вселенная Gundam представляет собой связанную хронологию, где события и организации развиваются из первоначального конфликта, показанного в Mobile Suit Gundam. В той истории молодой пилот Амуро Рэй сражался на стороне Земной Федерации против Княжества Зион, что привело к победе Федерации. Однако послевоенная политика привела к формированию репрессивной организации "Титаны" и, как ответ на это, к созданию повстанческого Союза Борцов за Свободу (AEUG), в ряды которого вошли бывшие солдаты обеих сторон предыдущей войны.
Действие Gundam Z происходит в 0087 году всеобщего столетия. Центральным персонажем является Камил Видан, подросток, который оказывается вовлечен в конфликт после стычки с офицерами "Титанов". Воспользовавшись хаосом, вызванным атакой сил AEUG на колонию, он захватывает экспериментальный мобильный доспех Gundam Mk-II и сбегает. Однако вскоре он попадает в руки к повстанцам из AEUG, что ставит его перед сложным выбором стороны в продолжающемся противостоянии.
Ситуация усложняется личными мотивами Камила, поскольку его родители работают на противоборствующие стороны конфликта. Это вынуждает его пересмотреть свои представления о союзниках и противниках. Сюжет строится вокруг участия Камила в операциях AEUG против "Титанов", его взаимодействия с другими пилотами и постепенного раскрытия более масштабных политических и военных заговоров, угрожающих стабильности всей космической колонии.